Po podpísaní dohody o začatí mediácie začína samotná mediácia jej priebeh bude riadený Mediátorom a každá strana dostane rovnaký priestor na prezentáciu a vyjadrenie svojho pohľadu a názoru. Mediátor zabezpečuje rovnocenné postavenie všetkých strán sporu a môže kedykoľvek mediáciu ukončiť. Toto právo má aj každá strana sporu.
V prípade ak strany sporu nechcú spolu priamo komunikovať, alebo nie je možné stretnutie z hľadiska ich zaneprázdnenosti, ale je ochota riešiť spor je možné viesť mediáciu oddelene s každou stranou, alebo aj prostredníctvom elektronických komunikačných prostriedkov.
Mediácia je dôverný proces, to znamená, že podľa § 5 zákona 420/2004 – Mediátor, osoby zúčastnené na mediácii a iné fyzické osoby prizvané mediátorom alebo osobou zúčastnenou na mediácii k mediácii sú povinné, ak sa strany nedohodnú inak, zachovávať mlčanlivosť o všetkých skutočnostiach, ktoré sa dozvedeli v súvislosti s mediáciou; ustanovenia osobitných predpisov6) týmto nie sú dotknuté.
Mediácia končí, alebo ju je možné ukončiť :
Podľa § 14 ods. 8, Mediácia sa končí:
- dňom uzavretia dohody, ktorá je výsledkom mediácie,
- dňom písomného vyhlásenia mediátora po konzultácii s osobami zúčastnenými na mediácii, že mediácia nebude pokračovať
- dňom právoplatnosti rozhodnutia o dočasnom pozastavení činnosti mediátora alebo dňom právoplatnosti rozhodnutia o vyčiarknutí mediátora z registra mediátorov,
- dňom, keď mediátor odmietol k dohode, ktorá je výsledkom mediácie, pripojiť svoj podpis; túto skutočnosť mediátor zaznamená s uvedením dôvodu v zápisnici,
- dňom doručenia písomného vyhlásenia osoby zúčastnenej na mediácii adresovaného mediátorovi, že mediácia je skončená, alebo
- dňom doručenia písomného vyhlásenia jednej z osôb zúčastnených na mediácii adresovaného druhej osobe zúčastnenej na mediácii a mediátorovi, že mediácia je skončená,
- dňom, keď účastník mediácie spor, ktorý je predmetom mediácie, predložil na rozhodnutie súdu alebo rozhodcovskému orgánu,
- uplynutím 90 dní v prípade mediácie spotrebiteľského sporu a v ostatných prípadoch uplynutím šiestich mesiacov od začatia mediácie, ak si osoby zúčastnené na mediácii v ostatných prípadoch nedohodli dlhšiu dobu, po ktorej uplynutí sa mediácia skončí,
- dňom smrti alebo vyhlásenia za mŕtveho mediátora alebo niektorého účastníka mediácie; to neplatí, ak mediáciu vykonával mediátor v mediačnom centre.